智能集菌儀是集菌培養器的配套使用儀器，通過智能集菌儀的定向蠕動加壓作用，供試品被過濾并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌。供試品通過進樣管道連續被注入集菌培養器中，利用集菌培養器內形成的下壓，通過0.45微米孔徑的濾膜過濾，供試品中可能存在的微生物被截留收集在濾膜上，通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。然后把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中，放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。那么，智能集菌儀該如何正確的操作呢?
智能集菌儀的正確操作方法如下：
(1)取出培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開塑料包裝袋。
(2)將培養器逐個插放在不銹鋼座上。
(3)將集菌培養器的彈性軟管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順暢。
(4)打開待檢樣品的瓶蓋插針孔并消毒之，(若檢測安瓿樣品，先將安瓿頸部消毒，然后打開并將安瓿)樣品瓶定位。
(5)拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，開啟集菌儀，實施過濾集菌(應避免雙芯針管進氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣)。
(6)完成集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典 規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
(7)消毒培養基瓶插針孔處。
(8)摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，套在培養器底口上，用軟管夾子，依次開閉軟管，開啟集菌儀，將培養基泵入指定的培養器內。
(9)用夾片夾閉與培養器連接部的軟管，留下5～6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣過濾器開口上。
(10)分別按規定進行培養。
(11)觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注。
智能集菌儀在操作過程中應注意以下問題：
(1)智能集菌儀必須有效接地。
(2)智能集菌儀長期不用，應切斷電源。
(3)智能集菌儀應置于平穩的操作臺面，其工作環境應避免振動和化學腐蝕。
(4)若無菌室采用化學消毒劑消毒時，應將智能集菌儀置密封罩內，或搬出無菌室，
以免損壞電子部件和腐蝕金屬配件。
(5)應保持取樣針上的過濾膜干燥，氣流通暢，正常浸液。方法是在取樣針插
入瓶裝流體樣品時，應先開機，然后倒轉容量瓶。
(6)更換檢品或完成過濾時應停機，否則會使集菌培養器內產生過高的氣壓，
膠塞脫離，影響使用。可摘下膠冒放氣，消除集菌培養器內的壓力。
(7)若進液管內出現過多氣泡，應將泵速降低，并檢查氣濾膜是否被浸濕，若
不能進液，則檢查進液針管是否暢通。
(8)智能集菌儀運轉時切勿將手伸入轉軸內，待扣在定位卡后再開機。